Se comenzó a construir a iniciativa de fray Julián Garcés, obispo de Tlaxcala, entre 1536 y 1539. Posteriormente las autoridades virreinales ordenaron la construcción de un templo más grande y vistoso, proyecto que fue encomendado en 1575 al arquitecto Francisco Becerra. No obstante, la falta de dinero y los cambios administrativos hicieron que las obras se detuvieran en 1626. En 1634 el maestro mayor de la Catedral Metropolitana de la Ciudad de México, Juan Gómez de Trasmonte, hizo una adecuación del proyecto, dándole un aspecto más clásico y una planta basilical. En 1640 una cédula real encomendaba al obispo Juan de Palafox y Mendoza concluir el edificio, lo que sucedió ocho años y ocho meses después, siendo dedicado el templo a la Inmaculada Concepción y con-sagradoel 18 de abrilde 1649. Enfechas posteriores se concluyeron portadas y fachadas, como la principal, llamada del Perdón, acabada en 1664, o la lateral de San Cristóbal, que mira hacia el norte, terminada en 1690.