Desde las primeras décadas del México independiente se proyectó fundar una institución que agrupara a los estudiosos de la historia, dado el interés importante que esta disciplina tenía en el país. En 1836 el gobierno de la República decretó la fundación de la primera Academia de la Historia, integrada por distinguidos intelectuales, pero los vaivenes políticos impidieron que prosperara dicha iniciativa, pero que se hicieran nuevos intentos.

La consolidación de la soberanía en 1867 permitió emprender los proyectos educativos que la inestabilidad y las amenazas externas habían obstaculizado. Así, en la década de 1870, en casi toda Hispanoamérica se había conquistado cierta estabilidad política que permitía emprender tareas que habían quedado inconclusas o que no se habían consolidado. Es por ello que apareció un movimiento de la mayoría de los países hispanoamericanos para instituir academias de la lengua, correspondientes de la Real de Madrid, del cual resultaría en la fundación de la Academia Mexicana de la Lengua en 1875.

Inspirados por este hecho, varios diplomáticos hispanoamericanos acreditados en Madrid iniciaron gestiones para crear las instituciones correspondientes de la Real Academia de la Historia de Madrid, pero que no lograron consolidar su objetivo por no encontrar eco en esa institución. En 1888 se volvió a replantear el asunto y esta vez pareció que la Real Academia se mostraba más receptiva, tanto que se estudió y discutió el proyecto y hasta se redactó el reglamento por el que se regirían las academias afiliadas. De esta manera se establecieron las academias de Buenos Aires, Bogotá y Caracas, pero la fundación de la de México volvió a fracasar. Podría aventurarse que la tradición antihispanista de una corriente de la historiografía mexicana tuviera influencia en el fracaso.

En 1901, a iniciativa del marqués de Prat, ministro de España en México, se hizo un nuevo intento. El proyecto parecía sólido y después de varias reuniones, se procedió a elegir académicos fundadores y al secretario de la institución que iba a ser nada menos que don Nicolás León. No obstante, la nueva academia murió sin ser reconocida por la matriz madrileña.

En 1916, cuando apenas se iba logrando la pacificación revolucionaria en el país, un nuevo proyecto iba a tener mejor suerte. Apadrinada por redactores y colaboradores de la Revista de Revistas, se fundó la Academia de Historia que, en cierta forma, dio origen a la actual.

Como tantas cosas en la historia, su consolidación resultó de la casualidad. Por entonces, uno de sus miembros, don Manuel Romero de Terreros, estaba a punto de partir a España y con tal motivo, la nueva academia le encargó llevar un saludo a la Real de Madrid, con la esperanza de convertirse más tarde en su correspondiente. Su gestión tuvo éxito.

La Real Academia de Madrid utilizó para establecerla el reglamento redactado en 1888 para las correspondientes en América y, de acuerdo con éste, el 12 de septiembre de 1919 surgió finalmente la Academia Mexicana de la Historia. Los primeros en ocupar algunos de los 24 sillones de número fueron: Francisco Sosa, Francisco Plancarte, Ignacio Montes de Oca, Luis García Pimentel, Francisco A. de Icaza, Mariano Cuevas, Manuel Romero de Terreros, Jesús García Gutiérrez, Jesús Galindo y Villa, Luis González Obregón, Juan B. Iguíniz y Genaro Estrada.

Como apuntaría don Manuel Romero de Terreros, la marcha de la Academia no dejó de tener sus tropiezos, que se fueron sorteando gracias a la colaboración de algunos de sus académicos. Desde luego estaba el de no tener sede, ni fuentes permanentes de financiamiento, obstáculos importantes para consolidar su tarea.

El problema de la sede se iba a solucionar gracias a la colaboración de don Atanasio Sarabia, quien era funcionario del Banco Nacional de México y logró que esa institución proporcionara el financiamiento no sólo para construir el actual edificio que ocupa la Academia, sino para que adquiriera la hermosa portada de un palacio colonial «que ornaba la antigua calle de Capuchinas». El 9 de diciembre de 1953, en ceremonia solemne, la Academia estrenaba casa.

Conseguir medios permanentes para sobrevivir ha sido imposible. En los primeros tiempos la Academia pudo vivir gracias a diversos «patronos y benefactores que le aportaron un modesto patrimonio», utilizado para públicar las Memorias de la Academia Mexicana de la Historia, que aparecieron con gran puntualidad. Mas el patrimonio se redujo por los altibajos de la economía mexicana y se empezó a recurrir al auxilio de la Secretaría de Educación Pública que la ha venido apoyando, con cierta regularidad, desde hace más de dos décadas, aunque con las interrupciónes debidas a los cambios ministeriales y sexenales.

El manejo austero de ese patrimonio, durante la gestión de don Edmundo O’Gorman como director, permitió emprender la renovación de su edificio, con lo cual la sala de juntas y el auditorio adquirieron una apariencia acorde con la dignidad de su ilustre fachada.

La Academia contó con 24 sillas de número hasta el año de 1990 en que en Junta extraordinaria se decidió aumentarlas a 30, ocho foráneas y 22 residentes. Los sillones los ocupan destacados historiadores de todas la corrientes. Aunque algunos importantes exponentes de la historiografía del siglo XX nunca llegaron a ser miembros de la institución y algunos de los elegidos resultan no ser tan representativos, sin duda la mayoría de los académicos de número han tenido y tienen un lugar destacado en la profesión.

Actualmente la Academia cuenta con 30 lugares de número, 22 para miembros residentes en la ciudad de México y ocho para los estados. Comprende a historiadores de distintas especialidades —historia política, eclesiástica, social, de la mujer, económica y del arte, la antropología y arqueología e historiografía, entre otras — y de diferentes épocas de estudios, como la historia prehispánica, colonial, del siglo XIX, de la Revolución y contemporánea.

Hoy día la Academia está dirigida por la doctora Gisela von Wobeser, cuyo campo de estudio es la historia social y económica de la época colonial. Funge como secretario el doctor Andrés Lira González, especialista en historiografía e historia de México. El censor es el maestro Jorge Alberto Manrique, quien se ha dedicado a la historia de las ideas y las instituciones y el tesorero el doctor Elías Trabulse, especialista en historia de la ciencia.

Los demás miembros que conforman actualmente la Academia, todos distinguidos historiadores, con una numerosa producción historiográfica son: Mauricio Beuchot, Israel Cavazos, Manuel Ceballos Ramírez, Clementina Díaz y de Ovando, Bernardo García Martínez, Mercedez de la Garza, Virginia Guedea, Eduardo Matos Moctezuma, Moisés González Navarro, Carlos Herrejón Peredo, Enrique Krauze, Miguel León-Portilla, Jean Meyer, Álvaro Matute, José María Muriá, David Piñera Ramírez, Ida Rodríguez Prampolini, Ma. de los Ángeles Romero Frizzi, Ernesto de la Torre Villar, Elías Trabulse, Elisa Vargaslugo, Josefina Zoraida Vázquez Vera y Silvio Zavala.