Los frailes franciscanos instalados en el hoy estado de Querétaro comienzan con el apoyo del indio casique Conín la construcción de una gran ciudadela en lo que es hoy el centro y corazón de Querétaro capital.
Abarcado seis de las actuales manzanas:
Templo de San Francisco
El Museo Regional
El Jardín Zenea
El GRan Hotel
La Plaza Constitución y el edificio de Corregidora e Independencia
Allí de encontraban, Doctrina, parroquia, templo, convento, colegio, noviciado, enfermería, sede de la Provincia de San Pedro y San Pablo, panteón, cuatro templos menores, huerta, portal de peregrinos, Molino de trigo, panteón de frailes, entre otros servicios que dieron origen a la actual ciudad de Querétaro.
Se extendieron con el Convento de Propaganda Fide en lo que conocemos como La Cruz, edificio inmenso, de múltiples espacios y dado para la fundación de misioneros hacia el norte y sur del país.
El Convento de Los Dieguinos o San Antonio, que abarcaba además de el templo lo que ahora es un pequeño convento, el jardín de San Antonio, y los edificios que lo rodean, el jardín de La Corregidora y los edificios que lo rodean.
El santuario y convento dedicado a Nuestra Señora del Pueblito en la zona arqueológica a ocho kilómetros de la ciudadela o centro actual de la ciudad, con muy grandes y magníficas instalaciones.
En cuanto a mujeres franciscanas tuvieron uno de los conventos más monumentales del país El Real Convento de Santa Clara, donde templo 11 capillas, lo que es ahora el jardín guerrero, el jardín de santa Clara, los cines Alameda.
El Real Colegio y Beaterio de Santa Rosa de Viterbo para terciarias franciscanas y el edificio y templo orgullo de nuestra ciudad.
El Convento templo y parroquia de San Sebastián en la Otra Banda de la ciudad.
El Convento y templo de cadereyta.
El Convento y templo de Tolimán
Más las cuatro misiones de la Sierra Gorda