Hércules  Más de dos mil personas trabajaban para el señor Rubio, ya fuera dentro o fuera de la fábrica y la mayoría vivía en Hércules, al ritmo que le marcaba el silbato de la fábrica. Se abrieron escuelas  y comercios para que la población no tuviera que trasladarse a la cuidad.

Los comercios eran propiedad de los Rubio  y ahí tenían que hacer sus compras los trabajadores pues solamente les aceptaban los vales con los que les pagaban su salario. Dentro de la fábrica había un médico que atendía a los operarios, pero también existían prisiones donde se encerraban a los que cometían una falta.  Para echar a andar las modernas máquinas que mandó traer de Europa para su fábrica, Cayetano Rubio tuvo que construir dos presas y un acueducto que llevara el agua desde La Cañada. Al irse apropiando del agua y además contaminándola, recibió varias denuncias de los campesinos de la región, pero como el señor Rubio era un hombre de negocios muy rico e influyente, las denuncias no prosperaban.

Otro grupo afectado por la prosperidad de El Hércules fueron los telares  familiares que comenzaron a desaparecer al no poder competir contra la moderna industria. Este fué el precio que se pagó por el proceso de industrialización.

El pueblo de Hércules fué mas tarde llamado Villa Cayetano Rubio, pues este hombre fue un personaje central en la vida industrial y económica de Querétaro. Uno de los puntos más discutidos entre el partido liberal y el conservador fue el papel que debía jugar la Iglesia Católica en la sociedad mexicana.

Los liberales la culpaban de mantener al pueblo, a través de la educación, sumido en un fanatismo que impedía su progreso.

También la acusaban de mantener el control de las tierras y de explotar al pueblo por medio del pago de diezmos y de los servicios que prestaban (bautismos, matrimonios, entierros, etc.).

Para poner fin a esta situación, los liberales Benito Juárez, Sebastián Lerdo de Tejada y José Ma. Iglesias dictaron las siguientes leyes: La Ley Juárez suprimió los privilegios  de militares y sacerdotes. La Ley Lerdo desamortizó los bienes del clero (que pusieran a la venta sus propiedades) y la Ley Iglesias suprimió el cobro por los servicios que prestaba la Iglesia.  Como estas leyes afectaban directamente al ejercito y al clero, el bando conservador se opuso a ellas y aparecieron una serie de movimientos en toda la República Mexicana.

En Querétaro, la mayoría de la población defendió a la Iglesia por tener lazos económicos con esta institución y por que se sentían  directamente afectados, pues su vida diaria estaba ligada íntimamente al calendario religioso. A pesar de las protestas y enfrentamientos, el gobierno de Benito Juárez promulgó las llamadas  Leyes de Reforma que fueron todavía más enérgicas con la Iglesia.  

Los cementerios pasaron al control del gobierno; se creó el Registro Civil para que fuera el Gobierno y no la Iglesia el que llevara el registro de nacimientos, muertes, matrimonios, testamentos, etc; se hizo obligatorio el matrimonio por el civil; se decretó la libertad de culto y se nacionalizaron los bienes del clero; se prohibió que se abrieran nuevos conventos y se sacó a frailes y monjas de los que ya existían. En Querétaro, el encargado de llevar acabo todas estas reformas fue el Gobernador José María Arteaga, quién se enfrentó a la resistencia conservadora encabezada por el General Tomás Mejía. Entre las primeras medidas tomadas por el general Arteaga, estuvo el sacar a los religiosos y religiosas de sus conventos. Esto causó disgusto y pena entre la población y muchas familias ofrecieron recibir dentro de sus casas a aquellas monjas que no tenían a donde ir.   La aplicación de Las Leyes de Reforma y los enfrentamientos entre los generales Arteaga y Mejía tuvieron como consecuencia el inicio de la destrucción de edificios y monumentos de la ciudad. Por ejemplo: al templo y convento de San Francisco se le quitaron los terrenos donde tenía el cementerio y se destruyeron las capillas.

Los conventos pasaron a ser propiedad del gobierno y los usaron como cuarteles militares, hospitales o escuelas, sufriendo un gran deterioro y el saqueo de obras de arte que ahí se encontraban.