El territorio de Huimilpan estuvo ocupado por un buen número de culturas, entre ellas destacan la Otomí, que dejó huella y aún existen pobladores con las características de esta cultura. 

A lo largo del río Huimilpan, se han localizado dos zonas arqueológicas; una de ellas se encuentra en la parte Sur del municipio, en la comunidad de San Pedro Norte, en el Cerro de Capula, compuesta por cuisillos que fueron construidos por alguna cultura no identificada aún. Se cree que estos pobladores pudieron haber sido de la cultura tarasca, ya que en Chupícuaro (Guanajuato) existía un gran asentamiento humano. 

En realidad no se han realizado estudios arqueológicos que nos permitan definir esta cultura, ni de la segunda zona, que se ubica en la parte Norte del municipio, en las comunidades de La Puerta del Tepozán, Carranza, El Vegil, El Milagro, El Garruñal y El Zorrillo. Se dice que habitaron estas tierras los Teotihuacanos, los Tarascos y los Otomíes; que este territorio era frontera entre Tarascos y el Reino Azteca, pero un estudio que soporte lo anterior no existe aún. 

A la llegada de los conquistadores se encontraron con dos culturas, por un lado la de los Chichimecas, cultura nómada que se dedicaba a la caza, pesca y recolección de frutos, y la Otomí que era sedentaria y cultivaba el maíz, la calabaza, el chile y el jitomate, patrón alimenticio principal de esta cultura. 

La conquista del pueblo de Huimilpan se llevó a cabo el 10 de julio de 1529, por el Capitán de Entradas Don Nicolás de San Luis Montañés, descendiente de Reyes y Emperadores de los Reinos de Tula y Xilotepec. Dentro de sus conquistas realizadas para la Corona Española, se puede mencionar la del pueblo de Acámbaro en 1526 y de Huimilpan en 1529. Después participó en las de San Juan del Río y Querétaro en 1531. 

A partir de esta época, Huimilpan estuvo a cargo de la Orden de los Franciscanos, mismos que tenían su convento en El Pueblito (Corregidora) de acuerdo al Libro de Indios que se encuentra en el archivo parroquial de esta Cabecera Municipal y que data de 1716. 

En la época Colonial se instalaron diez haciendas a lo largo del territorio (motores económicos de esta época), entre ellas: Los Cués, Santa Teresa, Lagunillas, Ceja de Bravo, El Vegil, Apapátaro, La Noria, Carranza, El Milagro y la de los Indios que pertenecían al pueblo de Huimilpan y se ubicaba en la trasquila a 1.5 Km de la Cabecera Municipal, donde fue fundado el pueblo. 

Además, el municipio cuenta con antecedentes prehispánicos, relatando a continuación los principales aspectos de esta importante época de nuestra región. 

Época prehispánica 
En lo que se refiere al Centro norte de Mesoamérica en donde se inserta el actual estado de Querétaro, el contexto cultural a partir del desarrollo histórico de los grupos que florecieron, tuvieron sus formas particulares. 

Emanados de una de las más importantes tradiciones reconocidas para el Preclásico medio – superior 500 a. C. – 350 d. C. como lo fue Chupícuaro, cultura que se mantuvo vigente durante un largo tiempo  y  reconocida en una gran extensión territorial que abarca Guanajuato, el norte de Jalisco y Centro de Zacatecas (Braniff 1975), así como también se ha localizado en los valles de Querétaro, San Juan del Río (Saint Charles 1986) y Tepejí del Río, Hidalgo (Mastache y Crespo 1974). 

Para un segundo momento tenemos lo que se ha denominado etapa de fortalecimiento regional. El trabajo de Castañeda (et.al. 1988) que se refiere al estado de Guanajuato, define un periodo entre 350-900 d.C. de desarrollo en la población, en que se incluye una de las características arquitectónicas  que definen al centro norte de Mesoamérica, construcciones que se relacionan a las actividades de culto principalmente (patio cerrado-pirámide). 

Por otro lado, siguiendo con el recuento de la historia prehispánica de la región hacia 800-900 d. C. el Centro norte fue escenario de importantes movimientos poblacionales provenientes del  occidente y norte de México, parecidos a los originados desde el propio centro hacia la región norteña. 

Este proceso de construcción de la frontera norte de Mesoamérica concluye en el siglo XII, en donde el territorio antes ocupado por grupos sedentarios quedó en posesión de grupos de recolectores cazadores, conocidos con el nombre genérico de Chichimecas, que son los que se encuentran en su arribo  hacia estas regiones en el siglo XVI. 

Huimilpan 

Es dentro de este contexto histórico, en que se inscribe el actual territorio político del municipio de Huimilpan, en el cuál se han encontrado evidencias arqueológicas de los distintos periodos arriba mencionados. 

Regularmente se había reconocido la presencia de grupos Otomíes y Chichimecas para el momento del contacto español y fundación del actual poblado de Huimilpan. 

Sin embargo recientes investigaciones en el interior de la Parroquia de San Miguel Arcángel, se descubrieron vestigios arqueológicos de grupos sedentarios Purépechas  y en la comunidad de Apapátaro durante un reconocimiento de área, se detectaron materiales de tradición Mexica, ambos grupos  también compartieron este espacio territorial, posiblemente antes que las etnias arriba mencionadas. 

Los recorridos de superficie que se han realizado en el municipio, nos refieren una buena cantidad de asentamientos prehispánicos sobre todo en la zona norte del municipio, en donde la llamada Unidad arqueológica de El Tepozán se inscribe y  extiende en las cercanías de comunidades como Carranza, El Zorrillo, El Milagro y La Puerta de El Tepozán de donde toma su nombre. 

Sin embargo, falta una buena parte de territorio municipal por recorrer y lograr un inventario más acertado en cuanto al número de lugares o puntos que nos refieran manifestaciones de ocupación humana antigua. 

El Tepozán 
Esta área arqueológica, se localiza entre la ladera noreste del cerro de la Víbora y la ladera sureste del Cerro Grande, localizándose en ella dos sectores, uno que se ve representado por la presencia de construcciones monumentales y abundancia de materiales; y otro que reporta marcadas concentraciones de cerámica identificadas como núcleos aledaños a las construcciones. (Brambila y Castañeda, 1991). 

La unidad reportó siete edificios ubicados aprovechando la topografía del terreno, complementándose con nivelaciones artificiales para alcanzar una buena condición del terreno para la construcción de grandes terrazas sobre las que desplantan las estructuras arquitectónicas 

Retomando los estudios ahora realizados a través de excavaciones extensivas, tenemos las llevadas a cabo a finales del año 2002 por parte del Instituto Nacional de Antropología e Historia y el Ayuntamiento de Huimilpan..

Estas exploraciones fueron llevadas a cabo en la parte sur del sector sureste de la Unidad de El Tepozán, conocida como El Palacio, en donde se descubrió y excavó parte de lo que fuera un panteón prehispánico. 

Se reportaron una serie de siete osamentas todas ellas relacionadas con la última etapa e ocupación del asentamiento. 

Durante estos trabajos fueron recuperadas como parte de las ofrendas mortuorias, piezas de cerámica que fueron sometidas a trabajos de restauración, todas ellas pertenecientes a distintos tipos y formas  propias del Periodo Epiclásico 700-950 d. C. de la región y áreas circunvecinas de Michoacán, el bajío guanajuatense, los valles del sur de Querétaro como el de San Juan del Río. 

Hasta el momento,  estos serían los datos generales que  nos pueden acercar al conocimiento prehispánico de la región, esperando que nuevas investigaciones nos permitan obtener información que nos ayude a conocer y tratar de explicar el asentamiento y desarrollo de los grupos humanos  que la poblaron.