En el año de 1614 se funda en esta ciudad, con la contrariedad de los franciscanos, el convento de los carmelitas descalzos, de la provincia de San Alberto de México, siendo Papa Paulo V y rey de España Felipe lll y su primera construcción de las tres que tuvo, fue a cargo de Francisco de Chavida.

Su primer prior fue Fray Pedro de la Concepción y el gran arquitecto creador de los planos fue el fraile, Andrés de San Miguel. Para esta fundación donó su casa y el quinto de sus bienes, la Sra. Isabel González, esposa de Francisco de Medina.

Posteriormente el convento fue ampliado gracias al benefactor, Juan Caballero y Osio quien lo dotó de todo los accesorios necesarios, incluyendo el famoso Cristo, conocido como “El Señor de los Trabajos”.

El templo y convento del Carmen fue por tercera vez reedificado, debido a ser muy chico y obscuro, al decir de los frailes. Esta vez por los propios carmelitas, terminando el claustro en 1756 y el templo en 1759, con muy bellos colaterales.

En el año de 1755 el Capitán de la Acordada, José Velásquez de Lorea, fundó una cofradía para el culto al Santo Cristo de los Trabajos o de otra manera llamado “El Señor de Santa Teresa”.

Se venera en este templo una maravillosa imagen, obra grandiosa de Mariano Perrusquía, está en el nicho principal del retablo del presbiterio o mayor y es de la advocación de Nuestra Señora del Carmen.

Durante el sitio de Querétaro, este convento fue usado como cuartel, por parte de los imperialistas, sus campanas fundidas, después fue ocupado por el General Mariano Escobedo.

La Sra. Petronila García, esposa del periodista Hipólito Alberto Vieytes, consiguió del gobierno, que el templo se abriera al culto y fue entregado al fraile Juan José de la Soledad Barrios, capellán de las monjas de Teresitas, que dio principio a su reconstrucción con dinero de su propiedad.

Cinco años más tarde fue abierto al público y bendecido por el segundo obispo de Querétaro Ramón Camacho, el 25 de julio de 1875. Mientras fue recibido por los carmelitas, estuvo al frente de él el Pbro. Braulio Guerra.

A este convento perteneció la Hacienda de Chichimequillas, que fue vendida al presidente de México, Mariano Arista, por el provincial de los carmelitas, Ángelo Ma. De San José, en el año de 1851 y en contra del prior del convento, Fray Ángelo Ma. De la Luz, por lo que volvió por corto tiempo a ser propiedad de este convento, posteriormente con las leyes de reforma les fue expropiada.

Perteneció también a este convento el famoso “Portal de Carmelitas”, ubicado frente al Jardín Zenea, casi llegando a la actual calle de Madero, estando sobre la calle de Juárez, privando a la ciudad de otro de los muchos elementos que perdió en el primer cuadro de la ciudad.

También eran propietarios los carmelitas de predios urbanos, casas y tiendas, obtenidas en el remate de los bienes del testamento de Alonso de Estrada Altamirano en 1702, por el entonces prior del Carmen Fray Miguel de San José.

En 1847 vendieron el Portal de Carmelitas y varias de sus casas a José González de Cosío, padre de Francisco González de Cosío, Gobernador de Querétaro por treinta años, durante la dictadura de Porfirio Díaz y en 1908, este gobernador cerró el portal y destruyó la casa.

Ahora los altares del presbiterio, crucero y laterales son de estilo neoclásico, la reconstrucción actual, que no es ni sombra de lo que fue este templo y convento del Carmen, se debe al arquitecto Vicente Jiménez.

En el retablo del altar mayor hay dos lienzos de 1914, ejecutados por Rivas, en las pechinas los lienzos parecen ser del siglo XVlll y contienen a doctores de la Iglesia, pertenecientes a los carmelitas. Son: San Cirilo, San Juan de la Cruz, San Pedro Tomás y Santa Teresa de Jesús.

En la sacristía existe un lienzo, ya intervenido, con el tema del patrocinio de la Virgen, a la orden carmelitana.

El Señor de los Trabajos, cuyo culto se encuentra documentado desde 1685, fue trasladado al convento de Teresitas en 1804 y regresado posteriormente al templo del Carmen.