Efemérides:
1540 .- Conín entrega el solar a los franciscanos donde crearán su convento
1548.- Da comienzo la construcción del primer templo del Convento de San Francisco de Querétaro
1566 .- El Convento de San Francisco de Querétaro, deja de pertenecer a la Provincia del Santo Evangelio y se integra a la Provincia de San Pedro y San Pablo de Michoacán,
1570 .- El Convento debió estar en pleno funcionamiento.
1584.- Se recibe la visita de Fray Alonso Ponce y la sede parroquial de Santiago, a cargo dc los franciscanos de Michoacán, depende del arzobispado de México.
1596 .- Se comienzan las diligencias para construir nuevas celdas y un nuevo templo en San Francisco.
1597 .- Se tiene ya el primer plano de la ciudadela o conjunto franciscano
1600 Francisco de Chavida trabaja para los franciscanos en la construcción del templo de San Francisco y Santa Clara.
1620 .- Se publica el primer mapa de los alrededores de Querétaro.
1620 a 1644 .- Se demuele el antiguo templo y se inicia el que ahora existe. Se construye La Enfermería, El Noviciado, El Claustro y La Torre.
1634 .- Se funda la tercera Orden de San Francisco, en Querétaro.
1634 .- Se estrena la capilla de La Tercera Orden, en el cementerio del Convento Grande de San Francisco.
1644 .- Antonio de Achaide se convierte en el alarife principal del templo de San Francisco.
1658 .- José de Bayas maestrea en el conjunto franciscano, cinco bóvedas, tres arcos de la capilla mayor y blanqueado del templo.
1680 .- El Convento de San Francisco esta en plena efervescencia.
1685 .- Se hacen arreglos a la Enfermería, Hospedería, refectorio, panadería y cocina.
1685 .- Se terminan dos campanas nuevas para San Francisco.
1693 – 98 Fechas inscritas cerca de la escalera del claustro, que indican principio y fin de una obra. Posiblemente el claustro.
1694 .- Se estrena la capilla de Loreto
1696 .- Se estrena la capilla del Santo Cristo de San Benito.
1698 .- Se concluyen algunos trabajos en la capilla de Los Naturales.
1705 .- Se termina la nueva barda de la ciudadela o conjunto franciscano.
1706 .- Se plantan nuevos tipos de árboles en la huerta.
1727 .- Se renueva el claustro y parte del templo.
1737 .- Se termina nueva obra en la capilla de la tercera orden.
1737 .- Se termina la capilla interior de Jesús Nazareno.
La destrucción
1759. Pierden los franciscanos la parroquia de Santiago, que es secularizada y trasladada a La Congregación.
1810 .- El Convento se vuelve prisión de los conjurados contra los españoles.
1816 .- Se quitaron los retablos barrocos del maestro Gudiño, en el templo de San Francisco. También se retira el retablo barroco y del altar mayor de San Francisco, obra de Pedro de Rojas.
1861 .- El Gral. Arteaga comienza la destrucción de la barda atrial y las 5 capillas.
1865.- Se trasladó la sede catedralicia de el templo de La Compañía al de San Francisco, lo fue del 25 de julio de ese año al 11 de enero de 1911.
1867 .- El Atrio de San Francisco es conocido como la plaza de los escombros.
1867 .- Se comienza la construcción del Jardín Zenea y existen en el antiguo atrio, dos mercados.
1867.- Los grandes lienzo que decoraban el claustro sobre la vida de San Antonio de pauda y San Francisco de Asís, obras de los maestros Rodríguez Juárez, José de Ibarra y Miguel Cabrera.
1905 .- Se destruye la huerta y en su lugar se da paso al mercado Doctor Pedro Escobedo, que muy posteriormente será la Plaza de la Constitución.
1917 .- se abre por en medio del primer templo franciscano y el crucero del actual la calle Aquiles Serdán, para unir la calle de Madero con la de 5 de mayo.
1925 .- Se repara este daño causado a Querétaro y el Fraile Angel Juárez, guardian del convento, inicia la reconstrucción.
1959 .- Se restaura la torre.
1967 .- Se construye la plaza constitución y el estacionamiento subterráneo.
1967 .- se abre la calle de Corregidora atravesando La antigua Ciudadela y partiendo en dos las casas que iban de San Antonio al Río y de la calle de Independemcia a la Alameda.
1993 .- Se crea el Jardín del arte, en el lugar de la pequeña huerta y osario que conservaban los franciscanos.
Capillas en el conjunto franciscano:
Sagrario de la iglesia parroquial.
En el cuerpo principal de la nave del templo está la capilla del Santísimo o del Sagrario, existe una archicofradía para mantener los gastos que para su mantenimiento se necesitan y para los monumentos que se levantan el jueves Santo, donde llegan a arder más de mil cuatrocientas luces y para la procesión del Jueves de Hábeas Christi.
Iglesia parroquial de los naturales
Esta construida en el atrio cementerio y es la parroquia de los indios, bajo la advocación del Señor San José, es de tres naves, sirve para la atención de los naturales y existe en ella seis cofradías, con sus rentas correspondientes. Tiene sus retablos barrocos también en los altares colaterales.
El primer templo católico levantado en la ciudad de Querétaro, a un lado del actual, se ha querido adjudicar a la parroquia de indios, después de la secularización de la parroquia en 1759, fue cedida a la Cofradía de los Hermanos del Cordón.
Creo que se pasa por alto La Capilla Abierta que debió de dar al atrio Panteón, las capillas pozas, por ser parte de la ritualidad mesoamericana, tanto el culto en espacios abietos y las procesiones.
Esta primer templo del conjunto franciscano fue en parte destruída cuando se quiso continuar la calle de Madero con cinco de Mayo, pasando sobre el colateral o crucero de la iglesia actual y del primer templo, que al levantarse el existente pudiera haber quedado al servicio de la población india.
Capilla de la Tercera Orden:
Se encuentra en el atrio cementerio esta hermosa capilla construída en 1634, esta iglesia es de alta calidad que puede competir coin cualquiera y la mantienen los principales de la población de esta ciudad de Querétaro. Allí existe una imagen de Jesús Nazareno, obra del fraile Sebastián Gallegos y que tiene una gran veneración entre los indios.
Esta imagen tiene un hermoso retablo y mucho adorno y la sacan en procesión para el rezo del Vía crucis, Su culto no se pude decir cuando comenzó pero para 1745 era ya muy antiguo.
El retablo mayor de esta capilla fue realizado por Pedro de Rojas, hubo un nuevo retablo de cal y canto de Mariano Paz, la escultura fue obra de Mariano Perrusquía y la pintura del maestro Astudillo. Esta capilla fue destruida en el siglo XlX por las leyes de reforma.
Capilla de La Santa Casa de Loreto
Se encuentra también en el atrio cementerio del conjunto franciscano, esta capilla tiene una imagen trasuntada de la del colegio de San Gregorio de México. Tiene un trono de plata al martillo, con gran cantidad de espejos y preciosos retablos. Esta casa lauretana esta bajo la Bóveda de un templo que la cubre y se estrenó en 1694.
Capilla y santuario del Santo Cristo de San Benito
Enfrente de la capilla de Loreto se encuentra esta capilla de la milagrosa imagen del Cristo de San Benito y que es obra del escultor y fraile, Sebastián Gallegos y se fabricó la capilla a expensas del Alférez Real, José de Urtiaga Salazar y La Parra.
La capilla es toda de cal y piedra, con bóvedas sobre arcos y pilastras de cantería, cimborrio y crucero. Sus retablos están hechos con abundancia de láminas y espejos y a la moderna, con estípites y en el centro un admirable nicho, con vidrieras adornadas de perlas, diamantes y otras joyas más.
El santuario está adornado por los propios franciscanos, por limosnas y por la propia Cofradía. El Cristo de San Benito esta colocado en un nicho de cristal, su culto está principalmente en manos de sus mayordomos y del Juez eclesiástico.
Esta capilla y las otras del atrio fueron destruidas poco a poco y con motivo de las leyes de reforma por el año de 1864 en adelante, hasta cambiar el panorama del centro de la ciudad.