El inicio de este oratorio felipense en Querétaro, lo inicia el P. Martín de San Cayetano y Jorganes, originario de Pátzcuaro y con el apoyo del virrey Juan Francisco de Guemes y Horcasitas. A la muerte de este Felipense, el P. Cabrera, del clero diocesano, corrió los trámites y costas por ello, ante la curia de México.

El felipense Marcos de Ortega vino a esta ciudad para realizar la fundación, creando una pequeña iglesia y sala, inaugurado el 21 de noviembre de 1763, hasta que se mudaron al convento e iglesia que conocemos actualmente y que fue en el año de 1800 un 6 de mayo, se encuentra en la antigua calle del Angel y la Calle Real (Madero y Ocampo)..

Esta obra se comenzó el 8 de diciembre de 1786 cuando se colocó y se bendijo la primera piedra. Los bienhechores de este conjunto, fueron Melchor de Noriega y Cobiedes y posteriormente Doña María Cornelia Codallos.

El oratorio y claustro fueron bendecidos por el año de 1808 y la dedicación del termplo estuvo a cargo del cura de Dolores, Miguel Hidalgo y Costilla.

La Sacristía es hermosa y grande, con una cúpula elíptica, donde se encuentran las pinturas de los ocho obispos que ha tenido Querétaro entre otras obras importantes, tiene siete ventanas rasgadas.

La suntuosa obra de templo y convento felipenses estuvieron al cuidado del P. Dimas Díes de Lara, Prepósito del Oratorio. Las pechinas de los arcos torales, del crucero del templo contienen frescos relacionados con la vida de San Felipe Neri, cuyo autor es Andrés Padilla.

Hay magníficas esculturas, entre ellas la de San Felipe Neri, La de la Virgen de los Dolores, un San José, la de Santiago El Mayor, entre otras y son obras de los grandes maestros de la escuela de escultores queretanos, como lo fue Mariano Arce.

El templo es una obra postrera de la época barroca, en su portada, Torre y cúpula, muy hermosas por cierto, con facilidad también se advierte la mezcla de diferentes estilos, que conjuntados dan prestancia a este oratorio.

Tiene en la puerta de entrada, en forma de hexágono y un medallón sobre el fundador de los felipenses, realizado en cantera, de una gran factura. Arranca el primer cuerpo con dos conjuntos de tres columnas.

En el segundo cuerpo de la fachada, a los lados del ventanal que da luz al coro existe de cada lado, dos juegos de columnas pareadas, con base bulbosa y capiteles corintios, resaltan dos medallones, uno de la Dolorosa y otro de San José, cerrando el conjunto después del friso, un arco elíptico rebajado, resaltando otros dos medallones y rematando con una Trinidad de las llamadas heréticas.

El autor de esta fachada usa el tezontle de fondo en forma de petatillo. Material muy de la región. Es el paso del barroco al neoclásico.

La torre parece estar construida en dos épocas, el cubo con ventanas de perfil rizado , el basamento presenta la misma fuerza de la fachada, parece ser de inicios del siglo XlX.

En 1920-32 se modificó el presbiterio, retirando el ciprés, después del concilio Vaticano ll, se mandaron quitar tanto el trono episcopal y posteriormente los sitiales de los canónigos, que eran de granito verde y fueron sustituidos por sitiales de madera.

El juego de las tres esculturas del altar mayor son de Mariano arce, con modificaciones de Diego de Alamaraz y son los patronos secundarios Juan y Pablo, además del Patrono principal Santiago El Mayor. Ya se encontró sobre la calle de madero el primer oratorio y claustro felipense, muy modesto.

El claustro de los felipenses, ahora después de su restauración se le ha llamado arbitrariamente Palacio Conín y esta destinado a oficinas del gobierno del estado, su factura es neoclásica, con arcadas en los dos pisos, entrada al templo por atrio y puertas interiores que están tapiadas.

El 30 de julio de 1931, El Obispo Marciano Tinajero y Estrada, sexto en el cargo desde 1864, consagró y dedicó el templo de San Felipe Neri, con toda la solemnidad de la liturgia, como Catedral de la Diócesis de Querétaro, que lo es hasta nuestros días.