Juan de Yepes Álvarez -su nombre secular- fue hijo de padres descendientes de judíos conversos al cristianismo: don Gonzalo de Yepes, tejedor toledano, y doña Catalina Álvarez. Tuvo dos hermanos mayores, Francisco y Luis. Gonzalo había sido desheredado por su familia a causa de su matrimonio con Catalina y murió cuando Juan tenía solo 4 años. Aquella pérdida sumió a la familia en la pobreza y aunque Catalina pidió ayuda a los familiares de Gonzalo nunca tuvo éxito.

Dada la falta de recursos, Juan terminó en el Colegio de Doctrinos (para niños abandonados que requeridos de formación en doctrina cristiana) en Medina del Campo, a cambio de ciertas contraprestaciones que lo conducen a servir como monaguillo y sacristán en uno de los templos de la ciudad.

Cierta mejora en la situación económica familiar le permitió luego ingresar al colegio de los Jesuitas en 1551. Mientras estudiaba allí a tiempo parcial trabajó en el Hospital de Nuestra Señora de la Concepción. Gracias a los jesuitas logró una sólida formación en humanidades que le permitió conocer muy bien el latín y a muchos autores clásicos.