Sin embargo, Salvador Allende fue también un destacado médico social. Fue ministro de Salud del gobierno de Aguirre Cerda (1939-1942); publicó en 1939 La realidad médico-social chilena, que expone una concepción fundamentada sobre las causas de las desigualdades en salud dentro de su país. Allende pertenece a una amplia escuela de interpretación de las causas o, más preciso, los determinantes de las condiciones heterogéneas de salud en una población con una desigual distribución del excedente económico entre las clases sociales. El texto contiene, además, la propuesta general de una política de salud para cambiar esta situación. Allende pertenece así a la tradición científica de R. Virchow, J. P. Frank, E. Chadwick y H. Sigerist, entre otros. En un cierto sentido es el padre de la medicina social latinoamericana, aunque ésta resurge con fuerza en su segunda oleada hasta la década de 1970.

Allende analiza y demuestra en su texto sobre la realidad médico-social chilena tres tipos de problemas: la desigual distribución de la enfermedad y la muerte en la sociedad; las condiciones que determinan la presencia heterogénea de las enfermedades en los grupos humanos y las características diferentes de manifestación de varios padecimientos en distintos grupos de la población. Demuestra cómo los dos primeros temas están cercanamente relacionados con las desigualdades profundas en la sociedad chilena, con su profunda pobreza y la riqueza concentrada en pocas manos, lo que resulta en malas condiciones de vida para las grandes mayorías. A ellas se añaden precarias condiciones de trabajo, particularmente en actividades extractivas como la minería.

Sus observaciones sobre las distintas manifestaciones concretas de las enfermedades en diferentes grupos sociales es interesante, ya que apunta a una concepción socio-histórica de los propios procesos biológicos; fenómeno también analizado por su colega contemporáneo el francés René Dubos.

Por otra parte, Allende también analizó los intereses económicos y la búsqueda de ganancias en el ámbito de la medicina. Es llamativo constatar cómo demuestra las márgenes crecientes de ganancias que logra la industria farmacéutica privada con diversos ardides aún antes de las patentes. Hace otra crítica en la misma dirección a la medicina privada, que es inaccesible para las grandes mayorías de la población. Otra parte del libro expone una política coherente de salud para resolver los problemas estructurales del sector, así como intervenciones preventivas.

Se puede sostener que el pensamiento de Allende tuvo gran importancia en el establecimiento del Sistema Nacional de Salud chileno, en 1952, aunque él no era ministro en ese momento. Sin duda, muchas de las preocupaciones que considera en su libro sobre la realidad médico-social chilena aparecen en su programa y acciones como presidente. El suyo es un socialismo que propone suprimir la desigualdad estructural de la sociedad capitalista. En esto su pensamiento y acción política es el de Virchow, que constató que la política es medicina a gran escala.

Le costó la vida a Allende haber avanzado en construir una sociedad justa e igualitaria junto con su pueblo. Tan importante fue el avance de esta construcción, que la fuerza hegemónica del mundo en este periodo, Estados Unidos, promovió el golpe contra Allende. No deja de ser una ironía de la historia que el golpe abrió el campo para el desarrollo sin freno del neoliberalismo. O tal vez, este primer golpe, seguido en cadena por otros, tenía