En 1857, durante su segundo periodo como gobernador de Oaxaca, Juárez rehusó participar en el tradicional tedeum en la Catedral. En el mismo año escribió Apuntes para mis hijos, donde justificó su ausencia en la magna ceremonia: No por temor a los canónigos, sino por la convicción que tenía [de] que los gobernantes de la sociedad civil no deben asistir como tales a ninguna ceremonia eclesiástica, si bien como hombres pueden ir a los templos a practicar los actos de devoción que su religión les dicte. Los gobiernos civiles no deben tener religión, porque siendo su deber proteger imparcialmente la libertad que los gobernados tienen de seguir y practicar la religión que gusten adoptar, no llenarían fielmente este deber si fueran sectarios de alguna.

Las ideas expresadas por Juárez tenían antecedentes en el lento pero creciente proceso que fue germinando en el país al consumarse la independencia de España. Si, por un lado, la nueva nación continuó legalmente como coto de la Iglesia católica, por el otro paulatinamente en algunos sectores, muy pequeños inicialmente, fue anidándose la convicción de abrir el país a corrientes de pensamiento distintas al conservadurismo religioso reinante.

Desde cuatro décadas antes de la Ley de Libertad de Cultos se fue acrecentando la discusión pública sobre la conveniencia, o no, de cambiar las leyes para que fuese posible la práctica de otras creencias religiosas distintas del catolicismo. Antes y sobre todo después de la consumación de la Independencia en 1821 hubo personajes que argumentaron en favor de lo que entonces llamaban el tolerantismo religioso. Destacó en la temática José Joaquín Fernández de Lizardi, quien abogó en varios escritos por una inicial libertad de creencias y aderezó críticas contra el Santo Oficio, lo que le valió en 1815 ser acusado ante la Inquisición por José Joaquín Gavito, presbítero del arzobispado de México.

Fernández de Lizardi enfrenta la intolerancia religiosa en el terreno de las ideas, pero también deja constancia de que en el México posterior a la Independencia se logran colar unos pocos protestantes, que representan la posibilidad de una muy incipiente diversificación religiosa, la cual se anida gracias a la tolerancia disimulada de una parte de la sociedad. Repetidamente insta a sus lectores para que acepten el hecho de que en el país es necesario aprender a relacionarse cotidianamente con protestantes y francmasones que ya forman parte de la población mexicana.

Fernández de Lizardi refiere un acto de intolerancia sucedido el 29 de agosto de 1824. Aconteció en la calle del Empedradillo (actual Monte de Piedad), frente al Palacio Nacional y a un costado de la Catedral metropolitana. El propietario de una zapatería fue asesinado cuando al paso del coche “con el Sagrado Viático […] no se hincó o no se quiso hincar un inglés americano que estaba en su accesoria y habiéndole reconvenido un hombre para que se hincara, no queriendo hacerlo (dicen), lo atravesó con la espada y huyó”.

El ultimado era ciudadano estadunidense, se llamaba Seth Hayden, y el caso también fue documentado por El Sol. El redactor de la noticia comentó que la fulminante acción era resultado del errado principio de instrucción religiosa que se ha seguido por desgracia en nuestro país, haciendo consistir la religión en puras prácticas exteriores y olvidando casi del todo la moral cristiana. Así deslizaba una crítica a quienes habían adoctrinado contra la posibilidad de un horizonte religioso abierto.

El asesinato del protestante estadunidense lo expuso José María Luis Mora en el Congreso Constituyente del estado de México (sesión del 2 de septiembre). Sostuvo que no podían verse sin escándalo los asesinatos de algunos extranjeros perpetrados a pretexto de religión. Argumentaba que era necesario un freno bastante duro al fanatismo y a los resentimientos personales, ya que de no suceder así los extranjeros que por mil títulos son útiles a la nación, se retrairán de vivir en un país en que no se castigan enérgicamente crímenes motivados por intolerancia religiosa. Mora refirió un caso semejante al que denunciaba, el de un francés victimado en San Agustín de las Cuevas (hoy alcaldía Tlalpan, en la Ciudad de México).

El caso de Seth Hayden visibilizó que en 1824, mismo año de la Constitución que reconoció como exclusiva del país a la religión católica romana, en la capital del país eran residentes varios protestantes, algunos ocupados en cuestiones comerciales, y otros como representantes diplomáticos. Por lo que escribió es muy factible que Fernández de Lizardi haya tenido trato con algunos de los heterodoxos religiosos.