Respecto de la resistencia de los perseguidos y los ánimos de sus perseguidores, Carlos Monsiváis consideraba que ambas conductas debían tenerse presentes a la hora de investigar cómo permanecieron otras creencias y las conductas resultantes: La historia [del] protestantismo [mexicano] es doble, es la historia de una doctrina de reforma que se propaga y es la historia de la Iglesia católica y de las maneras que elige para aplastar a los disidentes. Si uno aísla la historia del protestantismo simplemente no lo entiende. Esta historia es la de la lucha desde una fe vivida muy comunitariamente y acríticamente (la fe de los protestantes), contra una fe vivida como un aplastamiento de la disidencia (la fe de los católicos).

La construcción de la tolerancia religiosa en México ha tenido costos pagados por quienes estuvieron dispuestos a resistir andanadas de ataques simbólicos y físicos. El historiador Hans Jürgen Prien afirma que durante el siglo XIX en ningún otro país de América Latina se perpetraron tantos ataques violentos contra los protestantes como en México. En un recuento sobre el número de asesinados entre 1873 y 1887 la publicación metodista El Abogado Cristiano Ilustrado contabilizó 59 personas ultimadas, todas mexicanas, con excepción de dos extranjeros.

Otro periódico, El Evangelista Mexicano (26/6/1890), reportaba que 65 protestantes han sido asesinados por los romanistas en los muchos motines que la Iglesia romana ha levantado contra el Evangelio en México. Abundaba en su consideración sobre la actitud de las autoridades católicas y sus órganos de información respecto de las persecuciones y sus trágicos resultados, ante los cuales ni el arzobispo Labastida, ni ningún obispo o cura romanista, ni los periódicos de esa secta han dicho una sola palabra para hacer que los romanistas desistan de sus sanguinarios ataques contra sus hermanos. Según nuestro modo de juzgar, el clero tiene toda la culpa y toda la responsabilidad en estos casos.

En el siglo XIX contribuyó mucho a la estigmatización de los protestantes la imagen de ellos difundida por los medios oficiales y oficiosos católicos. Se les tildaba de antimexicanos, aliados a los intereses políticos y económicos estadunidenses. En septiembre de 1869, ante la clara evidencia de que se ha consolidado la Sociedad Evangélica encabezada por Sóstenes Juárez en la capital del país, el Semanario Católico advierte: Es un hecho que los sectarios del caduco protestantismo han llegado a México, y se esfuerzan en apartar a los mexicanos de la doctrina católica, apostólica, romana.

Cuando en 1876 ya existían bien consolidados núcleos evangélicos en distintas partes de la nación mexicana, hace notar la investigadora Alicia Villaneda, El Amigo de la Verdad, que se publicaba en Puebla, se lanza por igual contra liberales y protestantes: Aquí la impiedad y la herejía son antipatrióticas. Atacar aquí al catolicismo es combatir el vínculo más fuerte y duradero que ata a los corazones de los mexicanos, es combatir a la patria misma. Hacer aquí profesión de protestante es declararse francamente traidor a Dios y a la patria y llamarse liberal es llamarse amigo de los enemigos de nuestra nación.

En cuanto a la estigmatización de los protestantes los hábitos mentales predominantes en el siglo XIX tuvieron continuidad en el XX y, aunque ya no con la intensidad anterior, en lo que va del XXI. Todavía persiste el uso peyorativo del término secta, se le instrumenta como punta de lanza semántica para deslegitimar las creencias y prácticas de los no católicos.

En buena parte los casos actuales de persecución contra protestantes, como el de los chinantecos de Oaxaca y cerca de los límites con Veracruz, mantienen continuidad con el molde mental del siglo XIX. Se les persigue porque son ajenos, extraños y peligrosos a una idea de lo que es, y debe ser, la cohesión social que no admite diversidad. Son monstruos a los que hay que combatir y exterminar. Por cierto, un periódico antiprotestante decimonónico que se publicaba en Orizaba tenía un nombre que revelaba toda una declaración de principios: El Martillo de los Cíclopes. Su objetivo era desaparecer a los deformes.

La forja de la tolerancia religiosa, de espacios de libertad crecientes, en buena medida es fruto de la persistencia de quienes desafiaron un orden sociorreligioso que el tradicionalismo quería inamovible e inmutable.