La fundación de este convento data de 1613, se elevó a guardianía y se obtuvieron las licencias necesarias, empezándose a construir en 1615, bajo el papado de Paulo V y siendo Rey de España, Felipe lll. La iglesia esta perfectamente dispuesta y hermosamente adornada, donde resaltan sus colaterales, lo mismo que el claustro.
El primer guardián del Convento de San Antonio fue Fray Gabriel de los Ángeles, su templo destaca por su sencillez, es de una estructura proporcionada y de gran valor estético, concordando simbolismo y arquitectura.
Tres cúpulas, una torre, una espaciosa capilla colateral, con su pequeño atrio, que le da un carácter muy queretano, junto a la sencillez de la estructura del templo, lográndose uno de los rincones más hermosos de la ciudad.
El ensamblador Cristóbal Sorola, construyó el retablo dedicado a San José y la escultura de este fue realizada por Felipe Rodríguez, Pedro Maldonado elaboró los retablos dedicados a San Diego y San Felipe de Jesús.
El retablo mayor fue realizado en 1648 por el sevillano Pedro Ramírez y los pintores, Diego Rivera y José Juárez, siendo patrocinados por los caciques principales de Querétaro, Baltasar Martín y María Magdalena.
Existieron también retablos dedicados a nuestra Señora de Los Remedios, imagen de mucha veneración en este templo, a
Mariano Perrusquía ejecuta una talla de
Pedro de Rojas construyó otro retablo para el altar mayor, basándose en estípites, en 1733, sustituyendo al anterior. El Claustro, hasta nuestros días se conserva en buenas condiciones y en las claves de la arquería están esculpidos atlantes y el escudo franciscano de las cinco llagas más una pila para el agua bendita.
Existen en el templo dos capillas laterales, una dedicada a
Tuvo este conjunto conventual, una barda que rodeaba el atrio, la huerta y el claustro, constituido por lo que ahora son: El jardín de
De
En el siglo XVlll, se colocó en la actual esquina de 16 de septiembre y Corregidora la fuente de Neptuno, obra de Treguerras y que en 1909 fuera trasladada, ya mutilada a la esquina de las actuales calles de Madero y Allende.
La fuente de Neptuno, para estos tiempos y destruidos los colaterales de esta obra de arte, fue trasladada al ahora llamado Jardín de Santa Clara. En 1861 se tira la barda atrial de San Antonio y de otros templos de la ciudad.
De
En 1865 y por dos años, el primer obispo de Querétaro, Bernardo Gárate, el Seminario Conciliar de Nuestra Señora de Guadalupe, que ahora se encuentra en la antigua fábrica de
En 1867, durante el sitio de Querétaro, el convento fue convertido en cuartel de Maximiliano. En 1877 se forma el Jardín de San Antonio, en lo que fuera el atrio del templo.
En 1878 se reconstruye el templo de San Antonio por Manuel Vázquez. En 1894 se interviene la capilla de
El Convento de San Antonio, se encuentra en el camino real a Zacatecas, sus espacios son pragmáticos y eclécticos. Su destrucción fue la misma que siguieron los conjuntos franciscanos en la ciudad y la morfología del espacio que ocupara nos da documentos monumentales y arqueológicos para estudiar este convento del que se cuentan hasta ahora pocos documentos escritos para su estudio.
El Fraile Felipe Luna, participante el la apología de