La Iglesia Chiquita, asi llamada desde la llegada de Conín a estas sus tierras de conquista, es sin lugar a dudas el templo católico más antiguo que tiene Querétaro, comenzó a construirse en 1529 y ya aparece en el mapa de 1620, llamado de «los alrededores de Querétaro»  co su atrio almenado, fachada y espadaña y ha sufrido dos ampliaciones una en 1709 y otra en 1804, cuando se le agregó estribo, coro y sotocoro.

Debajo de sus muros el restaurador Alejandro Hernández descubrió las ventanas del siglo XVl y en el muro sur, la antiquísima ofrenda otomí o «entierro de aseguramiento» (Cuatro águilas y un felino)

Esta capill ha estado bajo la advocación de San Francisco, luego de Santiago Apóstol, De San Pedro, de La Inmaculada Concepción y de La Virgen de Guadalupe; Siendo la de Santiago y posteriormente de de San Pedro las principales.

Se asegura que aquí fue el primer asentamiento otomí de conquista de la ciudad de Querétaro, cuando Conin se apartaba de los españoles despues de la matanza de Cholula y la toma de la ciudad de México.