Al Corregidor de Querétaro no se le debe considerar Insurgente, su actuación timorta favoreció a los Realistas.

No debe estar en el Palacio de Gobierno su busto

En Querétaro, Domínguez y su esposa Josefa participaron en una conspiración cuyo propósito era idear una estrategia para liberarse de las autoridades españolas que habían gobernado México por tres siglos. Las reuniones se efectuaron bajo la apariencia de ser un club de lectura, teniendo sede en la casa del presbítero José María Sánchez.

Además de los esposos Domínguez y el cura Sánchez, a las juntas asistieron los licenciados Parra, Altamirano y Laso, los militares Joaquín Arias, Francisco Lanzagorta Inchaurregui, Ignacio Allende y Juan Aldama. Asistían también, el cura de Dolores, Miguel Hidalgo y Costilla, los hermanos Epigmenio y Emeterio González, encargados de proveer armas.

Se organizaron conspiraciones en San Miguel, Celaya, Guanajuato, San Felipe, San Luis Potosí y la Ciudad de México.

Miguel Hidalgo fue electo para dirigir cada una de ellas.

El pronunciamiento estaba fijado para diciembre de 1810, pero se tuvo que adelantar debido a las denuncias hechas por Joaquín Arias el 10 de septiembre y de Juan Garrido el 13.

El corregidor Domínguez, forzado por las autoridades virreinales, ordenó la detención de los conspiradores. Allanó la casa de los hermanos Epigmenio y Emeterio González, donde encontró armas y municiones, por lo que los tuvo que encarcelar.

Consciente del peligro que su esposa corría, la encerró con llave en su habitación mientras iba a sofocar a los sublevados.

Sin embargo, doña Josefa pudo alertar a un compañero conspirador que vivía al lado, Ignacio Pérez. La noche del 15 de septiembre de 1810, Pérez cabalgó a San Miguel el Grande, hoy San Miguel de Allende para avisarle a Juan Aldama, quien se fue a Dolores para alertar a Hidalgo.
En la madrugada del día siguiente, 16 de septiembre, el cura Hidalgo dio el grito de Dolores, el cuál señaló el inició de la guerra de Independencia. En 1813, don Miguel y su esposa son hechos prisioneros por las autoridades virreinales.

Los recluyen unos días en el convento de La Cruz en Querétaro, luego doña Josefa es enviada al convento de Santa Clara en la Ciudad de México y don Miguel es liberado.

Lo destituyen como corregidor de Querétaro y se muda a la Ciudad de México para estar cerca de su esposa. Se le permitió visitarla algunas veces. En agradecimiento de sus servicios, el virrey Juan Ruiz de Apodaca lo recompensó con una pequeña pensión.

En 1823, una vez consumada la Independencia de México fue miembro, en cinco de los siete triunviratos (Supremo Poder Ejecutivo) que dirigieron la nación tras la caída del imperio de Agustín de Iturbide.

En 1825 se le designó presidente de la Suprema Corte de Justicia, cargo que desempeñó hasta 1827.

Don Miguel murió el 22 de abril de 1830 en la Ciudad de México, a los 74 años de edad.
Fue sepultado en el panteón de Tepeyac, situado en villa de Guadalupe Hidalgo