Samuel Ruiz, nace en Irapuato en 1924, en el corazón del Bajío marcado por el conservadurismo católico. Es notorio observar su travesía religiosa que va desde la fe cristera de su infancia, a la renovación modernista del Concilio Vaticano II, 1962-1965, donde participa ya como joven obispo con tan sólo 37 años; en su tercer tránsito asume la opción por los pobres, la teología de la liberación y la decidida defensa de los derechos humanos de los indígenas. Aquí forma parte de una generación dorada en la historia de la Iglesia de América Latina y comparte búsquedas de justicia social al lado de obispos míticos, como Hélder Cámara (Brasil), Juan Landázuri (Perú), Jesús Silva Enríquez (Chile) y Óscar Arnulfo Romero (El Salvador). Otro paso importante en su trayectoria pastoral fue haber explorado los temas de la teología india e iglesia autóctona que tanta irritación e incomodidad causó entre los sectores conservadores de la Iglesia.

A raíz del levantamiento armado en Chiapas, enero de 1994, numerosos medios de comunicación, personajes políticos, religiosos e intelectuales se apresuraron en señalar a Samuel Ruiz como principal causante de la insurrección. Así lo denuncia Carlos Fazio en su libro: Samuel Ruiz, el caminante (1994); sin embargo recordemos que el propio don Samuel, durante la vista del Papa a Mérida en agosto de 1993, advirtió la explosividad de la realidad chiapaneca; entregó a Juan Pablo II un informe que documentaba su preocupación, actitud que fue tachada de exhibicionismo pastoral. El historiador Jean Meyer en su libro Samuel Ruiz en San Cristóbal (2000), establece que si bien no se le puede adjudicar el alzamiento insurgente zapatista, tampoco éste se puede explicar sin su histórico paso al frente de la diócesis de San Cristóbal. El trabajo pastoral de la diócesis formó a cerca de 100 mil catequistas que indudablemente nutrieron las filas y la mística zapatista. Don Samuel insistía en que el trabajo no era el mérito de una sola persona, sino de un grupo amplio de religiosos y laicos; sin embargo, sin el aliento a las innovaciones y cambios que él consintió, nada se habría concretado. El hecho es que la diócesis de San Cristóbal de las Casas experimentó un notorio dinamismo gracias a tres factores básicos: a) la opción prioritaria de formación y crecimiento cuantitativo de catequistas, diáconos y agentes pastorales indígenas con un enfoque de inculturación y respeto absoluto a las culturas tradicionales, es decir, fue pionero en el enfoque multicultural; b) forja un gobierno diocesano abierto y participativo rebasando la rígida estructura autoritaria y medieval que prima hoy en la mayor parte de las diócesis; creó un estilo de conducción donde las opciones se construían en asambleas diocesanas con una amplia participación de los actores religiosos, y c) la diócesis de San Cristóbal fue refugio de una importante cantidad de sacerdotes, religiosos y laicos que por sus posturas sociales habían sido expulsados o marginados de otras diócesis. En todo caso, el arraigo, representatividad y fortaleza de la diócesis de San Cristóbal llevó Samuel Ruiz a ser un factor de concordia y de paz, como mediador entre el gobierno y el EZLN que evitó mayor polarización, así como el derramamiento de sangre. En 1994, el protagonismo, involuntario, alcanzado por don Samuel despertó los resquemores y suspicacias tanto del gobierno como de un sector conservador de la Iglesia. En ese año fatídico de 1994, cargado de magnicidios, intrigas sucesorias del salinismo y elecciones, Samuel Ruiz fue objeto de una intensa campaña mediática de desprestigio, cuyo epicentro se ubicaba en la sede de la nunciatura, habitada por el entonces nuncio Girolamo Prigione, enemigo jurado del obispo indigenista. “A Roma llega lo que a Roma va”, reza el adagio eclesiástico; efectivamente Prigione casi logra su remoción argumentando la presión y nerviosismo del gobierno salinista, paradójicamente la función política y secular de mediación que representaba don Samuel frena la ejecutoria vaticana que venía en su contra. Sin embargo, Prigione propició la famosa carta de un alto funcionario de la Santa Sede, Bernadin Gantin, quien cuestionó la tarea de don Samuel. El nuncio, apoyado por Marcial Maciel, tuvo eco en varios de sus protegidos quienes públicamente pusieron en entredicho la labor de Samuel Ruiz, sin embargo, hubo otros sectores de la CEM, como Ernesto Corripio, Sergio Obeso y Bartolomé Carrasco, que lo apoyaron.