En 1960, Samuel Ruiz, entonces rector del Seminario de León, Guanajuato, fue designado nuevo obispo de Chiapas. «¿Dónde está Chiapas?», fue la primera pregunta que hizo en ese entonces.
Ruiz se enfrentó entonces a una cruda realidad: un estado en pobreza extrema con 78% de población indígena que mostró recelo a abandonar sus costumbres ante el nuevo obispo.
El seminarista se ganó en las cuatro décadas siguientes el apodo de “Tatic” (papá en lengua tzotzil) Samuel, y se convirtió en uno de los principales activistas a favor de los derechos de los pueblos indígenas. En 1989 fundó el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas, mediante el cual abogó por los pobres y los desfavorecidos.
En agosto de 1993, Ruiz advirtió durante una visita del papa Juan Pablo II a la ciudad de Mérida, de las graves desigualdades que vivía el estado debido a la extrema pobreza y la desatención que vivían los pueblos indígenas.
Ruiz, a propuesta del EZLN, fue mediador durante cuatro años entre el gobierno y el levantamiento armado, lo que le valió un protagonismo involuntario y acusaciones de apoyo a la guerrilla.
Luego del alzamiento del EZLN el primero de enero de 1994, el Comité Clandestino Revolucionario Indígena-Comandancia General (CCRI-CG) del EZ hizo pública la Declaración de la Selva Lacandona con la que declaran la guerra al gobierno de Carlos Salinas de Gortari y anuncian su lucha por democracia, libertad y justicia para todos los mexicanos.
El EZLN propone como intermediarios a Rigoberta Menchú, Julio Scherer y al obispo Samuel Ruiz. A año siguiente del levantamiento armado, el primero de enero de 1995, el EZLN lanzó la Tercera Declaración de la Selva Lacandona que proponía a la sociedad la formación de un Movimiento para la Liberación Nacional.
La relación entre el presidente Ernesto Zedillo y el EZLN se tensó, así como con los sacerdotes de la diócesis de San Cristóbal e incluso fueron expulsados algunos de los religiosos.
En junio de 1998, el obispo Samuel Ruiz García abandonó su mediación entre el gobierno de Zedillo y los zapatistas después de acusar a aquél de perseguir su labor conciliadora. La Comisión Nacional de Intermediación presidida por Ruiz se disolvió de inmediato.
Samuel Ruiz fue nominado en dos ocasiones para recibir el Premio Nobel de la Paz, que no se le otorgó bajo los argumentos de que logró con su mediación que el gobierno mexicano y el EZLN firmaran la paz, y porque se encontró con el veto del gobierno mexicano, de Washington y el Vaticano.
Sin embargo, nunca se había visto tantas firmas de apoyo de tantos pueblos indios y de personalidades para otorgar un premio Nobel por la Paz como para Samuel Ruiz García.
Se registró una fuerte campaña contra el obispo Samuel Ruiz y su diócesis por parte de autoridades federales y locales acusándolos de ser los causantes del conflicto en Chiapas, de resguardar armamento en las instalaciones de la Catedral, de ser los responsables de las muertes y de la sangre derramada de indígenas.
La población enemiga del obispo agredió las oficinas de la curia, lo difamaron e insultaron. Tiempo después renunció a la CONAI como un acto de denuncia contra el gobierno por simular un diálogo con los indígenas para conseguir la paz en medio de la violencia desatada por los militares, los paramilitares y los cuerpos policiacos.
La renuncia del obispo Samuel Ruiz García al cumplir 75 años de vida en noviembre de 1999 fue bien recibida no sólo por el gobierno federal, sino también por algunos obispos del llamado Club de Roma que ansiaban su renuncia.
El 25 de enero de ese 1999, Samuel Ruiz García festejaría sus 40 años como obispo con la celebración de un Encuentro Teológico Pastoral Del Concilio Vaticano II al Tercer Milenio.
Más de 500 delegados de diversos continentes y del país, así como indígenas de Chiapas se congregaron en San Cristóbal de Las Casas en el contexto del dolor y la confusión por la remoción del obispo coadjutor que supuestamente quedaría en su lugar. Cinco años antes de la renuncia de Samuel Ruiz, el Papa nombró al sucesor de la diócesis, al obispo coadjutor Raúl Vera López.
En 1996, Ruiz fue galardonado con el premio católico Pacem in Terris (Paz en la tierra) y en el año 2000 le fue otorgado el Premio Internacional Simón Bolívar de la UNESCO por su lucha contra la violencia, la pobreza y la exclusión.
Recibió además el doctorado honoris causa por la Universidad Iberoamericana en la ciudad de México.
Organizaciones civiles y de derechos humanos lo promovieron, en su momento, como candidato al premio Nobel de la Paz.
En abril de 2008 es nombrado por el Ejército Popular Revolucionario (EPR) mediador al lado de escritores e intelectuales, ante el gobierno federal.
Después de 40 años de obispado en Chiapas, Ruiz García decidió retirarse en 1999 e irse a la ciudad de Querétaro.
Nació en 1924 en Irapuato, Guanajuato, pero la mayoría de su vida vivió en San Cristóbal, donde fue nombrado obispo en 1959 a la edad de 35 años, y desde entonces acogió las causas indígenas como suyas.</p>
El día 24 de enero de 2011, a las 10 horas, Mons. Samuel Ruiz García, Obispo Emérito de San Cristóbal de Las Casas, terminó su peregrinación en la tierra y pasó a la Vida plena.
Falleció en la ciudad de México, donde permaneció internado dos semanas debido a deficiencias pulmonares y renales, problemas en las coronarias y en las carótidas, y una prolongada diabetes.