La historia de la ciudad se remonta a la época precolombina. En sus primeros años se llamó Mo-o-ti, que significa «lugar de metales». Posteriormente los aztecas le dieron el nombre de Pachtitlan, que en castellano quiere decir «lugar entre la paja». Su nombre actual deriva de kuanasï= rana uata= cerro quedando escrito correctamente en purépecha como Kuanasïuatu, que significa «lugar montuoso de ranas», mientras que en otomí su nombre es Ndänuë, y en Náhuatl su nombre seria Cueyatl?lco que significa lugar en la tierra de las ranas